Il Comitato scientifico è un organo consultivo a supporto del Consiglio di amministrazione, chiamato a fornire pareri e linee guida scientifiche sulle attività e sui progetti dell'Associazione. Ogni Membro dell'Associazione può proporre candidati con competenze scientifiche o tecniche per nominare un rappresentante nel Comitato Scientifico.
Il comitato d'indirizzo di Hydroaid (anno 2026) risulta così composto:
- Mariachiara Zanetti, Politecnico di Torino
- Lorenzo Segato
- Stefania Crotta